Может руками все ковыряли.
В последних релизах сделали более менее заполнение.
Просмотрите документ "Начисление страховых взносов"
Есть ли в них сотрудники не текущего периода.
Если есть то посмотрите сводную сумму по этому документу по каждому сотруднику.
Если общая сумма отрицательная, то минус за прошлый период это нормально. Если другой вариант - надо разбираться