Можно ли сделать чтобы в форме элемента справочника пользователь мог вводить некоторые атрибуты (например дата - тип дата, примечание - тип строка) и так для любого элемента разные атрибуты, а потом из документа их же заполнять. Или я говорю о фантастике?

Можно. Посмотри, например, механизм свойств в типовых конфигурациях.