Для ВУЗа нужно.
Крч,нужно макет интеграции 1C с Java.
Допустим,есть программа на java для менеджера экскурсионных туров.
Нужно ,чтобы заявки на оплату (от java) и (то что оплачено от 1с) поступало друг-другу.
Как это реализовать?Получается нужно веб-сервис использовать?
(возможен вариант не 1с для буха)

Веб-сервис как вариант

+ (1) через общий сетевой каталог обмениваться файлами (например ftp), слать письма друг другу на почтовые ящики....

(0) Если для ВУЗа, то студент перебивающий платежки руками будет дешевле всего.

Я за веб-сервис

Если для ВУЗа, то переписать все заново.

Тут задача слишком смутная, но я так представляю процесс, что несколько менеджеров продают экскурсии на один маршрут. В зависимости от количества заявок, 1С должна представить капасити в направлении этого маршрута, например вместимость автобуса, возможность дополнительного автобуса, замены автобуса. Менеджер резервирует в объеме этих капасити места от проданных туров. Задача сводиться к обычной CRM системе заявок и резервов. Здесь нужна оперативность обмена этими данными, так что веб сервисы надо

еще можно com объекты использовать для доступа к MSQL

Запрос к SQL серверу. Можно к тому-же, где крутится 1с-ка. Всё в онлайне будет.

(0) веб сервис.
Общая файловая шара и ftp накладывает более жесткие требования на надежность канала связи. Все они вместе с файловой шарой - это оффлайн и отсутствие обратной связи.
COM и запросы к потрохам БД - небезопасно, так же требует надежной связи и приводит к избыточным связям между приложениями. То есть приложухе, чтобы работать надо знать, где лежит 1С, а еще - как она внутри там устроена.

"Все они вместе с файловой шарой" читать как "Все они вместе с почтой"