Была сделана база БП РИБ.
Сейчас выяснилось, что в самописных правилах обмена (писал не я) была синхронизация номенклатуры только по коду. Получили кашу, я сейчас руками исправляю.

Правильно ли я понимаю, что сюда пишется соответствие объектов, найденных по полям поиска, чтобы при следующем обмене программе не искать заново, а просто брать отсюда. И тогда мне надо его почистить от тех перепутанных ссылок?

(0) В целом правильно. В регистр пишется информация об уникальных идентификаторах объектов, которые могут, а могут не совпадать по ключевым полям.

Есть еще мнение, что сюда пишут, если надо чтоб "железно" объект а= объект а2 ( и не важно, совпадают ли ГУИДЫ/ключевые поля)