Есть ЦБ в нем вся инфа, а есть ПБ - туда должны попадать документы отфильтрованные по некому реквизиту. Это не связано со складом, с подразделением и тем более с организацией.
По ходу будут виды документов, которые вообще не должны попадать ПБ. И будут такие, которые нужно фильтровать по флажку.
Варианты решения:
1. Общий реквизит доков в виде флажка в форме дока.
2. Реквизит доков по отдельности в каждый док в виде флажка в форме дока.
3. Использовать РС свойство объектов и регистрировать через реквизит формы доков.
Вариант третий озвучен тем что попросили сильно не менять типовой функционал для дальнейшего обновления без проблем.
Посоветуйте какой вариант на ваш взгляд лучший? Обоснуйте по возможности.

те, которые "не должны попадать" -  просто исключи из состава обмена.

А фильтровать можно в модуле плана обмена.

Посмотри как сделано в плане обмена "По организации"
В частности процедуру СформироватьТаблицуРегистрации()

(1) Я не могу исключить целиком вид. Из одного вида доков могут одни доки мигрировать  другое нет, как раз по некому фильтру.

(2)В плане "По организации" как раз фильтруются объекты по значению реквизита "Организация" если такой находится

в принципе там нет ничего сложного, один раз прочитать.
Я на его основе делал план обмена "По структурным подразделениям".

(4) По структурным и я сделал. Речь идет не сам план обмена и ее настройках а в том что какой вариант выбрать для фильтрации.

(5)Общий реквизит имхо само оптимально.

По ходу добавил общий реквизит захожу в состав а там везде автоматическое использование, и при чем во всех объектах кофы. И как с этим работать-то?

По ходу разобрался. Что-то нет возможности переключать состав всю ветку объектов . И приходиться по каждому отдельно отмечать. Хотя по умолчанию вроде такая возможность встроена но недоступна. Может это в УФ заработает.

(6) По ходу не совсем гладко.
v8: Использование общих реквизитов это нормуль или еще сыро?