Еще немного исследовал проблему, оказалось, что:
Если есть несколько открытых окон Windows, активным становится предыдущее активное окно. Причем только при первом открытии. Т.е. последовательность действий следующая - открыт конфигуратор и предприятие, запускаю 1С, появляется форма входа, делаю активным окно с папкой к примеру, выбираю базу и запускаю еще одно предприятие, в котором запускаю обработку с этим кодом - активным становится окно с папкой.
Не могу понять, почему при открытии и закрытии IE активным становится не то окно, которое было последним (1С), а предыдущее (до открытия 1С)
Чтобы обнаруживать ошибки, программист должен иметь ум, которому доставляет удовольствие находить изъяны там, где, казалось, царят красота и совершенство. Фредерик Брукс-младший