Введены:
  Плат.ордер.на спис. дс 14.10.2011 номер 95
  Плат.ордер.на спис. дс 14.10.2011 номер 96
  с проводками: Дт 60.02 - Кт 51

  Поступл.Тов.Услуг 14.10.2011 номер 3340
  Поступл.Тов.Услуг 14.10.2011 номер 3338
  с проводками: дт 26.01 - кт 60.01
                дт 19.04 - кт 60.01 (ндс)  

В ОСВ по счету 60 на 14 окт. по этому контрагенту, этой организации
зависает сальдо дт 60.02
и сальдо кт 60.01

так как должна делаться проводка в документах Пост.Тов.Услуг
дт 60.01 - кт 60.02, но она не делается и сальдо зависает

подскажите почему не делается проводка     дт 60.01 - кт 60.02
в документах Пост.Тов.Услуг ?

Посмотри в разрезе чего идут взаиморасчеты по договору.
В регл учете посомотри закладку расчеты с контрагентами

Накрайняк в коде посмотри при каких условиях делается проводка 60.01-60.02.
Ты же программист1С еба.