Изменил реквизит документа, а в процедуре ПриЗаписи() Модифицированность() = Ложь. Почему?

Это касается не только 8.2, но и предыдущих версий восьмерки.
Потому что ПриЗаписи измененный документ уже записан в ИБ и соответственно флаг модифицированности сброшен.
Для проверки модифицированности с пмощью метода Модифицированность() необходимо вызывать его ДО записи документа в ИБ, например, в процедуре ПередЗаписью()