Нужно удалить из ТЧ все строки с нулевым количеством:

Для каждого стр ИЗ МояТЧ  Цикл
   Если СТр.Количество = 0 Тогда
       МояТЧ.Удалить(СТр.НомерСтроки-1);
   КонецЕсли;    
   КонецЦикла;

__
Как сделать правильно?

- обратный обход, проверка, удаление.
- отборать строки и удалить;

(0)В (1) оба варианта. Небольшое уточнение. обход по индексу, а не перебор коллекции.

Отбор = Новый Структура("Количество",0)
Массив = МояТЧ.НайтиСтроки(Отбор);
Для Каждого эл из Массив цикл
МояТЧ.Удалить(эл);
КонецЦикла

спс!