Если в параметрах учета не поставлена галочка "Взаиморасчеты по зарплате ведутся в разрезе месяцев её начисления", то при заполнении не принимаются суммы начального сальдо, введенные на момент внедрения программы документом Корректировка регистров накопления - в регистре Зарплата на месяц организаций этих сумм нет, потому считается, что выплаты за период, предшествующий внедрению, как бы "излишни". Это приводит к тому, что при заполнении документа Выплата зарплаты организаций суммы к выплате у сотрудников, имеющих входящее сальдо на начало внедрения, уменьшаются на величину последнего. Если поставлена галочка "Взаиморасчеты по зарплате ведутся в разрезе месяцев её начисления", то ведомость за текущий месяц формируется правильно, но в документе Перенос задолженности (если его ввести) на начало года (январь, а то и февраль) показывается переплата.
Из положения вышел, сформировав (микрообработкой) в документах Корректировка регистров накопления ещё и записи в регистр Зарплата на месяц организаций. Но выход ли это? - не уверен.
И ещё: не нашел, чем "червеват" переход на режим выплат в разрезе месяцев начисления, если с начала ведения расчетов в ЗУП этот режим не был выбран.

(0)переход на режим выплат в разрезе месяцев начисления, если с начала ведения расчетов в ЗУП этот режим не был выбран

Потребуется перепровести все документы выплат, чтобы заполнился ресурс "Период взаиморасчетов" в РН "Взаиморасчеты с работниками орг"

(1) отзовись в аську