...или как проверить что значение равно пустой ссылке на любой справочник или перечисление

Попробуй так:
ГДЕ Субконто.Код IS NULL И Субконто.Номер IS NULL И Субконто.Порядок IS NULL

Или = неопределено

= Неопределено не прокатывает. У пустого значения тип ПустаяСсылка на справочник или перечисление (казлы, не могли сделать, чтоб это была пустая ссылка на план видов характеристик)

А вот ЕСТЬ NULL работает, причем вполне достаточно проверять Наименование.

Спасибо.