Ошибка такая:
Ошибка СУБД:
Microsoft OLE DB Provider fo SQL Server: A column has been specified more than once in yhe irder by list. Column in the order by list must be unique.
HRESULT=800040E14,SQLSrvr:Error state=1,Severity=F,native=169,line=1201

Я так понимаю связано  с уникальностью колонок. В файловом варианте все работает отлично.

номер платформы?

Имхо: файловый вариант "эммулирует" работу SQL и "игнорирует" ошибки, связанные с неуникальностью. SQL сервер таких ошибок "не прощает".

собери технологическим журналом http://infostart.ru/blogs/929 запрос, который дает эту ошибку

(1)  1С:Предприятие 8.1 (8.1.13.41)

(3) Туманный текст. Не слишком понятно что да как.

(5) что конкретно
еще пример сбора запроса есть тут http://www.gilev.ru/1c/81/index/optimquery.htm

(6) Спасибо, поразбираюсь

(7) к чему стремиться - найти ошибку в запросе 1С и переписать его

(8) Воот, давно бы так :) Теория это хорошо, но практика - лучше :) Изменить запрос (если можно!) и забить на..., - тьфу, - забыть на время эту ошибку...

Хммм, настроил технологический журнал, но что-то пусто там.
Пробовал выполнять разные запросы, но пусто.

Ложная тревога, просто создание долгое у логов :)

да в ЦУП тоже сбор ждет пару минут заверешение записи логов
найдите запрос и научитесь воспроизводить им проблему
после этого надо его проанализировать (наверно конструкция УПОРЯДОЧИТЬ там будет виноватая)

(7) ну и?