Имя: Пароль:
LIFE
Наука
OFF: Помогаем изучать процессы сворачивания белков в проекте Folding@Home
0 LarsVVS
 
12.10.08
13:50
Цель проекта — изучение болезней. Изучаются заболевания, вызываемые дефектными белками: болезни Альцгеймера, Паркинсона, диабет типа II, коровье бешенство и склероз. Поняв, почему возникают дефекты в белках одного типа, ученые смогут выяснить, почему это происходит и с другими белками. Также изучаются генетические заболевания: несовершенный остогенезис(остеопсатироз), муковисцидоз, болезнь Хантингтона.
----------
Описание проекта - http://distributed.ru/?pro.fah
ФАК на русском - http://distributed.ru/wiki/pro:fah:faq
Официальный сайт - http://folding.stanford.edu/ (http://distributed.ru/folding/ - перевод)
Страница для скачивания - http://folding.stanford.edu/download.html (здесь же можно проверить наличие Вашего ника в проекте!!!)
Высокопроизводительные клиенты (для видеокарт и многопроцессорных/многоядерных систем) - http://folding.stanford.edu/English/DownloadWinOther
Страница команды - http://vvs.izhevsk.net/1C-Community/
----------
Наша команда: 1C-Community, номер - 47240
----------
В двух предыдущих проектах MD@Home и Find-a-Drug наша команда заняла соответственно первое и 16-е место.
----------
Присоединяйтесь! Клиент прост в установке и использовании, работает в наинизшем приоритете, и практически не мешает другим приложениям.

Предыдущая ветка по теме:
OFF: Ищем ошибки в сворачивании белков (Folding@Home)
1 LarsVVS
 
12.10.08
13:56
Скорость команды достигла 150 тысяч очков в неделю. Из них более 98 тысяч - на счету двух участников: Bozman и ShoGUN.
BlackMak - ты кажется грозился подключить десяток не самых слабых процессоров?
Пока не заметно ;)
Команда вышла на 351-е место в общем зачёте и на 271-е по недельной скорости.
2 Преемник
 
12.10.08
15:46
на кого работаем?
3 Коллайдер
 
12.10.08
15:48
> Цель проекта — изучение болезней

это версия для лохов беспоатно работающих на какого-то аспиранта.
4 ShoGUN
 
12.10.08
15:51
Не спасут десятки процессоров. Видюхи считают в десятки раз быстрее квадов. Все что я набрал - насчитано на домашней GeForce 8800GT и на рабочей GeForce 8600GT.
5 Bender_
АцкийРобот
 
13.10.08
10:40
пожалуй присоединюсь, видюха мощняцкая 8800GTS альфадог разогнанная простаивает, может че и насчитаем...
6 LarsVVS
 
14.10.08
09:23
(4)Считают - да, но очки и на квадах можно вполне приличные получать. Зависит от графика работы системы и количества процессоров :) На оверклокерах выкладывали результат - более 14 тысяч очков в сутки с 4-процессорной системы с 4-ядерными Оптеронами.
9 Adoff
 
14.10.08
09:37
(0) и хренли ты мои сообщения удалил, типа если модератор спамит, то это уже не спам?
10 LarsVVS
 
14.10.08
09:42
(9)То же самое, но человеческим языком можно было сказать.
12 Adoff
 
14.10.08
09:47
(10) спамер, на тебя тоже управа найдется
13 LarsVVS
 
14.10.08
09:49
(12) Предлагаю изучить вопрос вначале
14 LarsVVS
 
28.10.08
16:51
У нас новый участник(правда уже почти месяц как новый :) ) - Bender_AckiRobot
15 Bender_
АцкийРобот
 
28.10.08
16:58
(14) че то заметил что видеокарту колбасит неподецки, нагружает на 100%, после часа расчетов раскаленная...поэтому целый день гонять боязно...буду по часу в день...
16 Kerk
 
28.10.08
17:46
А для ATI редеонов ничего не придумали для расчета сабжа?...
17 LarsVVS
 
28.10.08
19:01
(15)Главное успевай задание выполнить до конца deadline.
Для большинства задач под GPU deadline всего 3 дня.

(16)http://folding.stanford.edu/English/DownloadWinOther
Windows: V6 GPU2 (ATI 2xxx, 3xxx, 4xxx, nVidia) clients
Для более младших карт - ничего нет.
18 Bozman
 
28.10.08
19:34
(15) У меня 8800GTS 640Mb от EVGA (слегка разогнанная) с небольшими перерывами на СТАЛКЕРа уже второй месяц не выключаясь работает. Пока полет нормальный.
19 Bozman
 
28.10.08
19:35
(15) Температура не выше 70. Тот же СТАЛКЕР прогревает ее до 80.
20 Bozman
 
03.11.08
12:39
Ну, вот. СМП 5.92 свое отработал. Так, что пока не придумаю чем заменить придется сбавить обороты.
21 ildus
 
03.11.08
13:04
а за это платят?
22 Bozman
 
03.11.08
13:21
(21) Нет. Считать можно бесплатно.
23 Bozman
 
05.11.08
12:27
LarsVVS. Чтобы сейчас запустить smp-5.92 нужно только поставить на компьютере дату до 2 ноября и он запустится. Потом можно вtрнуть правильную дату и пока клиент не остановлен он будет нормально считать, отправлять и принимать жабы. Хотя я и не понимаю зачем было закрывать клиента работающего на Win2K, можно подумать уже все отказались от неё.
24 Kerk
 
05.11.08
12:59
(17) Жаль, а то 8000 серии ATI, помог бы...
25 LarsVVS
 
05.11.08
13:08
(24)У меня самого GF-6600 простаивает... как и домашний A64-X2 - не успевает SMP-клиент при моём режиме работы на компе закончить задание до дедлайна. Поэтому стоит обычный клиент...
(23)Спасибо, хоть у меня и нет F@h на W2k, но одна 5.91 ещё стояла... Заменил её на 6.22...
26 Naumov
 
05.11.08
13:09
(24) так не обязательно на видео считать. на простом клиенте.
(23) SMP-клиент до сих пор в статусе бетты ходит, поэтому и дата использования ограничена. сейчас типа 6.хх предлагают пользовать.
27 Naumov
 
05.11.08
13:10
(25) Так дома поставил бы обычные задания. их всяко успеет.
28 LarsVVS
 
05.11.08
13:10
(26) 6.хх не запускается на w2k
29 LarsVVS
 
05.11.08
13:11
(27)Так я и говорю "стоит обычный клиент".
30 Bozman
 
05.11.08
13:49
У меня на дома на XP smp-6.22 почему-то глючит. При запущенном 5.92 спокойно работаю, а на 6.22 непредсказуемо BSOD и перезагрузка.
31 Преемник
 
05.11.08
17:34
...продолжаем работать на пиндоскую оборонку
32 Bozman
 
05.11.08
21:40
Если кому актуально - продленный клиент СМП 5.92 здесь: http://www.stanford.edu/~kasson/folding/windows/fah-SMP-592.exe
Там же есть и 5.91. На сколько продлили пока не знаю.
33 LarsVVS
 
08.11.08
21:22
Оказывается есть версия 6.23, в которой разработчики постарались исправить проблемы, вызывающие ошибку "early unit end"
Ссылки здесь:
http://foldingforum.org/viewtopic.php?f=24&t=6142
34 LarsVVS
 
13.11.08
16:45
А у нас новичёк - Sonny. И он уже успел развить очень неплохую скорость...
35 LarsVVS
 
01.12.08
22:07
Оказывается выложены новые версии клиентов (6.23) для одноядерных процессоров http://folding.stanford.edu/English/Download и для видеокарт http://folding.stanford.edu/English/DownloadWinOther
36 Sonny
 
01.12.08
23:22
(34) Юзаю клиент для видеокарты. Багов почти не замечено, только иногда виснет IE при серфинге страничек с флеш-анимацией.
37 LarsVVS
 
17.12.08
13:56
Организаторы очень рекомендуют тем, кто использует GPU клиент на картах ATI/AMD, обновить его со страницы http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/special/DownloadATI.html Сообщается о исправлении ошибок и увеличении производительности. Тем, кто запускает GPU клиент на картах NVidia так же рекомендуют обновиться - исправлены некоторые ошибки: http://folding.stanford.edu/English/DownloadWinOther
38 Megas
 
17.12.08
14:03
============
Экзамен по биологии сидят студенты один студент грузин(г) с задумчивым лицом спрашивает у соседа(с)

Г:Слушай, что такое "бЕлка" ?
С:Ну знаеш такой маленький пушистый зверёк, бегает, прыгает по деревьям , ещё орешки грызёт..

Проходит ещё пол часа!

Г:Слушай а что такое тогда "Синтез бЕлка"?
39 LarsVVS
 
18.12.08
15:44
Командой взят рубеж в 7 миллионов очков. Последние 2 миллиона добыты менее чем за 4 месяца!
Сейчас команда находится на 340-м месте по общему количеству очков и на 346 по скорости за неделю.
40 LarsVVS
 
24.12.08
08:59
_UP_ - новый участник в команде!

Лидер команды, Bozman набрал уже 2 миллиона очков!
Остальные "старички" команды с августа взяли следующие рубежи:
ShoGUN - 250 тысяч очков
vega - 250 тысяч очков
kolys - 250 тысяч очков
GROOVY - 100 тысяч очков
Badger2007 - 100 тысяч очков
Perec - 100 тысяч очков
Sonny - 50 тысяч очков
ptiz - 50 тысяч очков
Soda - 50 тысяч очков
mishaPH - 25 тысяч очков
zlodey - 25 тысяч очков
Arcanist - 10 тысяч очков
DenisCh - 10 тысяч очков
tbreaker - 10 тысяч очков
mamont - 5 тысяч очков
Qvz - 5 тысяч очков
Bender AckiRobot - 5 тысяч очков
MoriQwendi - 5 тысяч очков
Seregan - 5 тысяч очков
Idos - 5 тысяч очков
Doomer - 2500 очков
dim ru - 1000 очков
SergMiller - 1000 очков
41 LarsVVS
 
24.12.08
09:49
Разработчики видимо под конец года выпустили несколько статей. Начну потихоньку переводить их...
http://folding.typepad.com/news/2008/12/long-term-vision-for-fah-science-clients-etc.html
Долгосрочные перспективы проекта: наука, клиенты и прочее

В первые годы проекта было сделано многое для создания методологии (оригинальные алгоритмы распределенных вычислений, проверка методов), в последние годы шла работа по использованию видеокарт, PlayStation3, и многопроцессорных платформ. Кроме того было и много работы, прямо относящейся к болезням и здоровью человека. Доноры увидят результаты этих работ в ближайшее время. В частности, результаты по болезни Альцгеймера, болезни Хантингтона, а также некоторые другие сюрпризы (некоторые детали лучше оставить до публикаций).

С точки зрения перспектив программное обеспечения FAH, наша краткосрочная цель состоит в улучшении работы SMP клиента. Сейчас идут работы над клиентом SMP2, который будет лучше, чем текущий точно так же, как клиент GPU2 много лучше, чем GPU1 (проще в использовании, требует меньше усилий доноров, и гораздо лучше масштабируется). Это улучшение - сочетание изменений в клиенте и (особенно важно) появления новых расчетных ядер. Эта работа продолжается уже около года, сделано достаточно много, так что можно говорить об этом публично.

Также разрабатывается новое ПО для серверов проекта - для части из них новый код уже написан и идет постепенный переход на него, для остальных - также в планах написание кода "с нуля".

В долгосрочной перспективе, со стабильными клиентами GPU2 и SMP2, мы сможем затем перейти к другим областям. Наша цель состоит в том, чтобы быть на переднем крае нашей науки, но и вернуться к простоте и стабильности классического клиента. У нас есть еще пути развития, но мы рады, что проекты, которые были начаты некоторое время назад, в скором времени увидят свет.
42 Naumov
 
24.12.08
09:52
Ничего-ничего. Вроде пытаются замутить Отечественный проект.
43 Bozman
 
24.12.08
09:57
(42) Дай Бог. Пусть только замутят, тут мы и навалимся им в помощь.
44 Bozman
 
24.12.08
09:59
(42) Есть какая-нибудь достоверная инфа?
45 АП
 
24.12.08
10:01
(40) ку :)
46 ДенисЧ
 
24.12.08
10:02
(45) Ты тоже буржуЯм помогаешь? :-)
47 АП
 
24.12.08
10:04
(46) еще скажи, что пить со мной перестанешь )
48 ДенисЧ
 
24.12.08
10:06
(47) Не перестану, не надейся :-)
Просто думаю, когда и где оно у тебя крутится...
49 АП
 
24.12.08
10:14
(48) ну думай-думай, глядишь и шапку купишь )
вариантов не много )
50 Naumov
 
24.12.08
10:21
(44) ну тут пока идет обсуждение http://distributed.ru/forum/index.php?a=topic&topic=1030
51 LarsVVS
 
15.01.09
09:30
В команде два новых участника: Kerk и FrostWind
52 NDN
 
19.01.09
15:28
FrostWind - это я
53 smaharbA
 
19.01.09
15:37
54 smaharbA
 
19.01.09
15:38
вот ведь влип AcaGost )))
55 Kerk
 
19.01.09
15:44
(52) Ну кто второй надеюсь труда понять не составит...
56 LarsVVS
 
20.01.09
10:56
http://folding.typepad.com/news/2008/12/foldinghome-alzheimers-simulation-work-published.html
Опубликована работа по моделированию болезни Альцгеймера в Folding@Home (документ № 58 на http://folding.stanford.edu/English/Papers)
Предполагается, что нарушения в сборке и сворачивании белка Abeta являются причиной возникновения болезни Альцгеймера. Моделирование, например в Folding@Home, является путем для понимания этого процесса. Есть несколько ключевых проблем для имитации ключевого шага - олигомеризации. Эта работа представляет собой новый способ имитации олигомеризации Abeta  с возможностью имитировать экспериментируя с соответствующими сроками и концентрациями, используя новый метод. Мы используем этот метод, и вычислительные мощности, предоставленную донорами Folding@Home для имитации олигомеризации в мельчайших подробностях. Это позволит получить точные представления о процессе, которые мы в настоящее время получаем путем проведения экспериментов.
Во многих отношениях этот документ является "вершиной айсберга" работы Folding@Home над болезнью Альцгеймера, гораздо больше интересных результатов ещё ожидается, особенно в плане экспериментальных подтверждений наших прогнозов и в новых возможностях для разработки новых лекарств и терапии болезни Альцгеймера. Итак, в то время как мы рады, что этот результат является в настоящее время прошлых коллегиального рассмотрения, мы еще больше рады, за то, что в ближайшие вниз трубопровод, ожидая оценки. Мы будем держать вас в курсе, делая результаты достоянием общественности, и, как мы надеемся, публиковать несколько даже больше объявлений в 2009 году.
UPDATE:
Был задан вопрос, какие клиенты участвовали в работе над проектом. Эта работа началась несколько лет назад и потребовалось некоторое время для анализа, а затем для публикации. Таким образом, проект выполнялся исключительно на классических клиентах. Для последующих расчетов, мы используем смесь GPU, SMP, и классических клиентов. Из-за большого числа классических клиентов, они позволяют нам расчеты, выполнение которых не представляется возможным на других платформах. Тем не менее, высокие скорости (но меньшее число) GPU и SMP клиентов позволяют нам получить приблизительные результаты быстро, уточняя потом их на классических клиентах.
57 Aswed
 
20.01.09
11:01
Ну вытащили ветку)))
58 Jump
 
20.01.09
11:15
(0)Расход трафика какой?
59 MMF
 
20.01.09
11:39
(56) "мы еще больше рады, за то, что в ближайшие вниз трубопровод, ожидая оценки" - ничего себе
60 LarsVVS
 
20.01.09
16:38
(59)Прошу прощения. Проглядел. Данное предложение вообще не должно было попасть в перевод.
61 LarsVVS
 
20.01.09
16:55
(58)3 компьютера, SMP-клиенты, за 20 дней - менее 50 Мб входящего и несколько больше 300 Мб исходящего.
62 Сержант 1С
 
21.01.09
06:03
уже как за два года, по сию пору ниразу не было обозначено, кому, зачем и как мы помогаем вычислительными ресурсами.

а ну как работаем на натовскую оборонку? :)
63 Сержант 1С
 
21.01.09
06:03
ну всякие слова говорились конечно, а вот результаты там, доказательства? (ромикс)
64 LarsVVS
 
21.01.09
08:15
(63)А какие нужны результаты и доказательства? Статьи в профильных научных журналах печатают тоже по протекции Пентагона/ЦРУ?
65 Сержант 1С
 
21.01.09
08:23
(64) в любой статье указываются методы и материалы до запятой...
66 LarsVVS
 
21.01.09
09:30
(65)Поясни
67 LarsVVS
 
12.02.09
09:03
Командой взят рубеж в 7 миллионов очков. Команда занимает 333-е место по общему количеству очков и 373-е по скорости за последнюю неделю.
68 LarsVVS
 
12.02.09
09:11
*8 миллионов
69 LarsVVS
 
09.03.09
06:35
По скорости команда вышла на 316 место...