Причем одна база ТиС чтобы работала с двумя ККМ, а вторая база - с третьей ККМ? То есть третий com-порт поставим, но не получится ли что вторая по порядку запуска база не получит доступа к ком-порту?

(0) Если порты - разные, то должно быть все Ок. Здесь ситуация несколько иная -
если речь идет о ТиСе, то нужно менять обработку обслуживания торгового оборудования для сохранения нескольких настроек.

(1)+1
стандартная тис заточена под работу одной ККМ

Спасибо. А зачем менять обработку? и каким образом?

Но у нас, забыл сказать, две ККМ уже работают на одной ТиС. Делалась значит такая настройка. Значит вопрос только в том, смогут ли работать такая переделанная ТиС (с двумя ККМ)  и еще одна ТиС с одной ККМ на одном компе с тремя портами.

В принципе, должна, так как каждая ТиС будет лочить только свои порты. Но точно сказать может только тот, кто доработку делал.

Делел обработку обслуживания под два ФР, - чеки бились из одной базы по организациям.

Конечно, ФР были подключены к разным портам.