Каким образом можно решить проблему для отчетности,т.е.каким-то образом объединить по сотруднику его начисления,удержания и отчисления,если в справочнике сотрудники этот работник проходит по двум кодам: в начале года как физическое лицо(работа по договору),с марта,как штатный сотрудник и теперь в отчетности для налоговой и пенсионного фонда по нему формируются два документа?

Если вместо одного сотрудника считали по двум разным (по двум кодам) элементам, то кроме пересчета за прошлые периоды вы никак не сможете объеденить (т.к. реквизит "Объект" недоступен для редактирования)
Делайте "Закат солнца вручную" как вам удобнее

(0) "проблему для отчетности", а какой отчетности?

(2) А какую сдаете ежеквартально ? И какие варианты есть ?

(3) А для  есн и пфр какая разница 1 или 2 человека, там только итоги

(4) Вот в итогах то и дело. Т.к. есть регрессия и много других хитростей при заполнении полей в этих отчетах ;)

Отчетность,которая за год,т.е.Справка 2-НДФЛ и в Пенсионный фонд о стаже и отчислениях,а там увы два документа по сотруднику не принимают.

(6) Сказано же в (1) Делайте "Закат солнца вручную" как вам удобнее
PS: Ручками ... ручками ... "Человека создал Труд" (с)