как это через коммандную строку сделать?

set logfile=%1
set timeout=%2

echo %date% %time% >>%logfile%
net stop "1C:Enterprise 8.1 Server Agent" >>%logfile%
sleep %timeout%
echo %date% %time% >>%logfile%
net start "1C:Enterprise 8.1 Server Agent" >>%logfile%
sleep %timeout%

спс

сколько у тебя timeout?

(3) я думаю что он вообще не нужен.. или нужен?

(4) нужен

5 минут

но может быть меньше - на последнем релизе хватает минуты вроде чтобы процессы закрылись

не нужен никакой слип.
net stop/start всегда завершается только после останова/запуска сервиса.

(8) rphost висит и после остановки службы еще некоторое время - и если есть подключение к базе - оно не теряется насколько я понял из практических упражнений ;)
но возможно и ошибаюсь

(9) для гарантированной остановки/пуска службы слип не поможет.
тогда уж лучше через tasklist | find нужно процессы смотреть в цикле, желательно не в бесконечном :-)

(10) ну нам достаточно того что в 99% случаев таймаут помогает и монопольный доступ к базе получаю даже если забыл кто-нибудь комп выключить с запущенной 1С