Справочник Товары
Спровочник Клиенты с подчиненным справочником КлиентТовар
Документ Расход

Составлен запрос по продажам клиентам за период
|Период с НачалоПериода до КонецПериода;
|Клиент = Документ.Расход.Клиент;
|СуммаПрод = Документ.Расход.СуммаПрод;
|Группировка Клиент без групп;
|Функция Продажа = Сумма(СуммаПрод);

Запрос усложняется. В суммировании участвуют только те товары, которые есть в подчиненном справочнике КлиентТовар.

А вопрос-то в чем? В смысле чего хотите?

Продажи клиентам только тех товаров, что есть в подчиненном справочнике КлиентТовар

|Товар=Справочник.КлиентТовар.Товар,Документ.Расход.Товар;
|Клиент=Справочник.КлиентТовар.Владелец, Документ.Расход.Клиент;

... что-то в этом духе надо попробовать

Либо создать список значений СЗ_Клиентов накидать нужных значений туда и
...
Условие( Клиент в СЗ_Клиентов )
...

Написал следующий запрос.
|Период с НачалоПериода до КонецПериода;
|Товар = Справочник.КлиентТовар.Товар, Документ.Расход.Товар;
|Клиент = Справочник.КлиентТовар.Владелец, Документ.Расход.Клиент;    
|СуммаПрод = Документ.Расход.СуммаПрод;
|Группировка Клиент без групп;
|Функция Продажа = Сумма(СуммаПрод);

Все равно суммирует все строки в документах, не учитывет содержимое справочника КлиентТовар

(5) Попробуй добавить
Клиент1=Документ.Расход.Клиент;
Условие Клиент1=Клиент;

Может взлетит?

Теперь не суммирует ни одной строчки документа, запрос выводит нули.

|Период с НачалоПериода до КонецПериода;
|Товар =  Документ.Расход.Товар;
|Клиент =  Документ.Расход.Клиент;    
|СуммаПрод = Документ.Расход.СуммаПрод;
|Группировка Клиент без групп;
|Группировка Товар без групп;
|Функция Продажа = Сумма(СуммаПрод);

Выгружай в таблицу результат запроса, колонки будут Клиент, товар, Продажа
И шерсти таблицу на предмет проверки соответствует есть товар из строки в справочнике у клиента. Если нет, делай что-нибудь со строкой.
Я бы таблицу снизу прошла

КолСтр=ТЗ.КоличествоСтрок()+1;
Если КолСтр>1 Тогда
Для инд=1 По КолСтр Цикл
номСтр=КолСтр-инд;
ТЗ.ПолучитьСтрокуПоНомеру(номСтр);
... проверил,
если нет товара в спр.клиента ТЗ.УдалитьСтроку();
КонецЦикла;
КонецЕсли;

Сложно получается.
1. Через запрос получаем строки из документов
2. Выгружаем все страки в таблицу и затем по условию часть удаляем
3. группируем оставшиеся строки по клиентам и находим суммы продаж
По меркам языка SQL запрос не считается сложным.
Может что-нидь еще из запроса можно выжать?