Вопрос возник.. :)
В запросе обращаемся к виртуальной таблице "Остатки" региста накопления. При пустом реальном регистре в виртуальной таблице есть записи... Перед обращением был проведен(и сделана отмена проведения) документа, который изменяет этот регистр. После тестирования базы - все ок.(причем во время тестирования каких-либо ошибок не обнаружено).
Встречались ли с таким ранее, что может быть не так.

Что за мифические записи? В запросе не было Итогов?

Да, в запросе были итоги. Регистр "ПартииТоваров".  
есть такая строчка... ИТОГИ СУММА(Остаток),  СУММА(Стоимость) ПО Номенклатура
Записи не мифические-они были и были удалены в реальном регистре, а в таблице - остаются.

Если есть Итоги, то 1С может добавить такие записи. Они не детальные, они итоговые и итог равен нулю.

А если идет отбор по определенному измерению?........

(4) Это не влияет на результат. Ты сказал в запросе "подсчитай мне итоги", 1С подсчитала - "равны нулю".

Подсчитала, но не равны нулю.
Например есть регистратор - приходный документ(+), расходный документ(-).
Все документы проведены.
Отбор по приходному документу - итог должен быть равен нулю???? нет - должно быть количество,сумма по приходу.
теперь отменяем проведение всех документов, делаем запрос - итог опять не ноль..

Это происходит очень редко(к сожалению не знаю когда именно..),практически всегда - все ок. Возможно это связано с работой нескольких пользователей, удалением документа(регистратора)...

(6) Приведи тексты запросов.